GCA_001063295.1 - 5 region(s)

Identified primary metabolite regions

JVJA01000596.1

Region	Type	Class	From	To	Most similar known cluster		Similarity
Region 145.1	TPP_fatty_acids	Putative	3,688	24,824

JVJA01000826.1

Region	Type	Class	From	To	Most similar known cluster		Similarity
Region 345.1	Pyruvate2acetate-formate	SCFA	10,314	23,473	Pyruvate to acetate-formate E. coli	PFL_acetate	100%

JVJA01000140.1

Region	Type	Class	From	To	Most similar known cluster		Similarity
Region 444.1	TPP_AA_metabolism	Putative	8,240	28,378

JVJA01000205.1

Region	Type	Class	From	To	Most similar known cluster		Similarity
Region 500.1	gallic_acid_met	Aromatic	9,440	26,838	Gallic acid degradation B. sp. KLE	GALL	100%

JVJA01000430.1

Region	Type	Class	From	To	Most similar known cluster		Similarity
Region 691.1	Pyruvate2acetate-formate	SCFA	5,741	18,899	Pyruvate to acetate-formate E. coli	PFL_acetate	100%

Region	Type	Class	From	To	Most similar known cluster	Similarity
Region 145.1	TPP_fatty_acids	Putative	3,688	24,824
Region 345.1	Pyruvate2acetate-formate	SCFA	10,314	23,473	Pyruvate to acetate-formate E. coli	PFL_acetate	100%
Region 444.1	TPP_AA_metabolism	Putative	8,240	28,378
Region 500.1	gallic_acid_met	Aromatic	9,440	26,838	Gallic acid degradation B. sp. KLE	GALL	100%
Region 691.1	Pyruvate2acetate-formate	SCFA	5,741	18,899	Pyruvate to acetate-formate E. coli	PFL_acetate	100%

No primary metabolite regions were found in these records:: JVJA01000437.1; JVJA01000439.1; JVJA01000440.1; JVJA01000441.1; JVJA01000442.1; JVJA01000443.1; JVJA01000444.1; JVJA01000048.1; JVJA01000445.1; JVJA01000446.1; JVJA01000447.1; JVJA01000448.1; JVJA01000450.1; JVJA01000451.1; JVJA01000452.1; JVJA01000454.1; JVJA01000455.1; JVJA01000456.1; JVJA01000049.1; JVJA01000457.1; JVJA01000459.1; JVJA01000460.1; JVJA01000462.1; JVJA01000463.1; JVJA01000465.1; JVJA01000466.1; JVJA01000468.1; JVJA01000469.1; JVJA01000471.1; JVJA01000472.1; JVJA01000473.1; JVJA01000474.1; JVJA01000475.1; JVJA01000050.1; JVJA01000476.1; JVJA01000477.1; JVJA01000480.1; JVJA01000481.1; JVJA01000482.1; JVJA01000483.1; JVJA01000484.1; JVJA01000485.1; JVJA01000488.1; JVJA01000051.1; JVJA01000491.1; JVJA01000492.1; JVJA01000493.1; JVJA01000494.1; JVJA01000496.1; JVJA01000497.1; JVJA01000498.1; JVJA01000499.1; JVJA01000501.1; JVJA01000502.1; JVJA01000503.1; JVJA01000504.1; JVJA01000506.1; JVJA01000507.1; JVJA01000508.1; 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JVJA01000575.1; JVJA01000576.1; JVJA01000577.1; JVJA01000578.1; JVJA01000579.1; JVJA01000580.1; JVJA01000581.1; JVJA01000582.1; JVJA01000583.1; JVJA01000584.1; JVJA01000585.1; JVJA01000586.1; JVJA01000587.1; JVJA01000588.1; JVJA01000589.1; JVJA01000590.1; JVJA01000591.1; JVJA01000592.1; JVJA01000593.1; JVJA01000594.1; JVJA01000060.1; JVJA01000595.1; JVJA01000597.1; JVJA01000598.1; JVJA01000599.1; JVJA01000600.1; JVJA01000601.1; JVJA01000602.1; JVJA01000603.1; JVJA01000061.1; JVJA01000606.1; JVJA01000607.1; JVJA01000609.1; JVJA01000612.1; JVJA01000613.1; JVJA01000614.1; JVJA01000615.1; JVJA01000616.1; JVJA01000617.1; JVJA01000619.1; JVJA01000062.1; JVJA01000621.1; JVJA01000622.1; JVJA01000623.1; JVJA01000624.1; JVJA01000625.1; JVJA01000626.1; JVJA01000627.1; JVJA01000628.1; JVJA01000629.1; JVJA01000630.1; JVJA01000632.1; JVJA01000065.1; JVJA01000634.1; JVJA01000635.1; JVJA01000636.1; JVJA01000637.1; JVJA01000638.1; JVJA01000639.1; JVJA01000066.1; JVJA01000642.1; JVJA01000067.1; JVJA01000643.1; 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JVJA01000211.1; JVJA01000212.1; JVJA01000021.1; JVJA01000213.1; JVJA01000214.1; JVJA01000215.1; JVJA01000217.1; JVJA01000218.1; JVJA01000219.1; JVJA01000220.1; JVJA01000022.1; JVJA01000221.1; JVJA01000222.1; JVJA01000223.1; JVJA01000224.1; JVJA01000226.1; JVJA01000227.1; JVJA01000228.1; JVJA01000230.1; JVJA01000023.1; JVJA01000231.1; JVJA01000233.1; JVJA01000234.1; JVJA01000235.1; JVJA01000238.1; JVJA01000239.1; JVJA01000241.1; JVJA01000242.1; JVJA01000243.1; JVJA01000245.1; JVJA01000246.1; JVJA01000247.1; JVJA01000248.1; JVJA01000249.1; JVJA01000251.1; JVJA01000252.1; JVJA01000253.1; JVJA01000255.1; JVJA01000024.1; JVJA01000257.1; JVJA01000259.1; JVJA01000001.1; JVJA01000263.1; JVJA01000264.1; JVJA01000266.1; JVJA01000267.1; JVJA01000269.1; JVJA01000270.1; JVJA01000271.1; JVJA01000272.1; JVJA01000273.1; JVJA01000276.1; JVJA01000277.1; JVJA01000278.1; JVJA01000279.1; JVJA01000281.1; JVJA01000282.1; JVJA01000283.1; JVJA01000284.1; JVJA01000025.1; JVJA01000285.1; JVJA01000287.1; JVJA01000288.1; JVJA01000290.1; JVJA01000291.1; JVJA01000026.1; JVJA01000292.1; JVJA01000293.1; JVJA01000294.1; JVJA01000295.1; JVJA01000297.1; JVJA01000027.1; JVJA01000299.1; JVJA01000028.1; JVJA01000300.1; JVJA01000301.1; JVJA01000302.1; JVJA01000029.1; JVJA01000304.1; JVJA01000305.1; JVJA01000307.1; JVJA01000308.1; JVJA01000030.1; JVJA01000309.1; JVJA01000310.1; JVJA01000313.1; JVJA01000315.1; JVJA01000316.1; JVJA01000317.1; JVJA01000318.1; JVJA01000319.1; JVJA01000320.1; JVJA01000321.1; JVJA01000031.1; JVJA01000322.1; JVJA01000323.1; JVJA01000327.1; JVJA01000328.1; JVJA01000032.1; JVJA01000329.1; JVJA01000330.1; JVJA01000331.1; JVJA01000332.1; JVJA01000333.1; JVJA01000334.1; JVJA01000033.1; JVJA01000337.1; JVJA01000338.1; JVJA01000339.1; JVJA01000340.1; JVJA01000341.1; JVJA01000343.1; JVJA01000344.1; JVJA01000345.1; JVJA01000346.1; JVJA01000347.1; JVJA01000349.1; JVJA01000352.1; JVJA01000353.1; JVJA01000035.1; JVJA01000002.1; JVJA01000036.1; JVJA01000356.1; JVJA01000357.1; JVJA01000358.1; JVJA01000360.1; JVJA01000361.1; JVJA01000037.1; JVJA01000362.1; JVJA01000363.1; JVJA01000038.1; JVJA01000364.1; JVJA01000365.1; JVJA01000366.1; JVJA01000367.1; JVJA01000039.1; JVJA01000369.1; JVJA01000370.1; JVJA01000371.1; JVJA01000373.1; JVJA01000374.1; JVJA01000375.1; JVJA01000376.1; JVJA01000377.1; JVJA01000378.1; JVJA01000379.1; JVJA01000380.1; JVJA01000040.1; JVJA01000381.1; JVJA01000383.1; JVJA01000384.1; JVJA01000385.1; JVJA01000386.1; JVJA01000387.1; JVJA01000388.1; JVJA01000389.1; JVJA01000392.1; JVJA01000395.1; JVJA01000396.1; JVJA01000397.1; JVJA01000400.1; JVJA01000402.1; JVJA01000041.1; JVJA01000404.1; JVJA01000405.1; JVJA01000042.1; JVJA01000406.1; JVJA01000407.1; JVJA01000410.1; JVJA01000412.1; JVJA01000414.1; JVJA01000415.1; JVJA01000416.1; JVJA01000417.1; JVJA01000043.1; JVJA01000418.1; JVJA01000420.1; JVJA01000422.1; JVJA01000044.1; JVJA01000423.1; JVJA01000424.1; JVJA01000425.1; JVJA01000045.1; JVJA01000427.1; JVJA01000428.1; JVJA01000429.1; JVJA01000431.1; JVJA01000432.1; JVJA01000433.1; JVJA01000046.1; JVJA01000434.1; JVJA01000435.1; JVJA01000436.1; JVJA01000047.1

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JVJA01000596.1 - Region 1 - TPP_fatty_acids

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Location: 3,688 - 24,824 nt. (total: 21,137 nt) Show pHMM detection rules used

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TPP_fatty_acids: (TPP_enzyme_C and (minimum(2, [ACD1_car, ACP_syn_III_C, AcetylCoA_hyd_C, AcetylCoA_hydro, Acyl-CoA_dh_1, Acyl-CoA_dh_2, Butyrate_kinase, CT_Propionyl_CoA1, CT_Propionyl_CoA2, CT_Propionyl_CoA3, Carboxyl_trans, CoA_trans, CoA_trans_230_acto, CoA_trans_2_CAF, CoA_trans_6_Glutaconate, E1_dh, ECH_1, ECH_2, HBT, HBT_2, HCDH, HpaB, Ketoacyl-synt_C, Thiolase_C, Thiolase_N, adh_short, adh_short_C2]) or FA_synthesis) and not (PFL-like or PFL_6_pcresol or PFL_9_tma or Gly_radical or Gly_430_pcre or PFL_acetate1 or PFL_acetate2 or Gly_radical_scatole or PFL_proline or PFL_toluene) and not (POR or POR_N))

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core biosynthetic genes

additional biosynthetic genes

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resistance genes

encapsulation genes

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JVJA01000826.1 - Region 1 - Pyruvate2acetate-formate

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Location: 10,314 - 23,473 nt. (total: 13,160 nt) Show pHMM detection rules used

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Pyruvate2acetate-formate: ((PFL_acetate1 or PFL_acetate2) and Radical_SAM)

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core biosynthetic genes

additional biosynthetic genes

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resistance genes

encapsulation genes

electron transport genes

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JVJA01000140.1 - Region 1 - TPP_AA_metabolism

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Location: 8,240 - 28,378 nt. (total: 20,139 nt) Show pHMM detection rules used

Region on contig edge.

TPP_AA_metabolism: (TPP_enzyme_C and not (PFL-like or PFL_6_pcresol or PFL_9_tma or Gly_radical or Gly_430_pcre or Gly_8-9_TMA or PFL_acetate1 or PFL_acetate2 or Gly_radical_scatole or PFL_proline or PFL_toluene) and minimum(2, [ALS_ss_C, AlaDh_PNT_C, Arginase, BKACE, BcrAD_BadFG, Beta_elim_lyase, CPSase_L_D2, Cys_Met_Meta_PP, ELFV_dehydrog, GRDB, Glu_syn_central, Glu_synthase, Gly_reductase, HAAA1, HG2B1, HG2B2, HGD-D, HleuD1, HleuD2, HleuS1, HleuS2, Homoserine_dh, ILVD_EDD, IlvC, Lactoyl-CoA1, Lactoyl-CoA2, Lyase_aromatic, MAAL_C, OKR_DC_1_5_lysine, OKR_DC_1_5_ornithine, OKR_DC_1_7_arginine, OKR_DC_1_C, OTCace, PALP, Proline_reductase, Sacchrp_dh_C, TPL, Thr_dehydrat_C, TnaA, Urocanase]) and not (POR or POR_N or PFOR_II))

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core biosynthetic genes

additional biosynthetic genes

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resistance genes

encapsulation genes

electron transport genes

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JVJA01000205.1 - Region 1 - gallic_acid_met

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Location: 9,440 - 26,838 nt. (total: 17,399 nt) Show pHMM detection rules used

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gallic_acid_met: (minimum(1, [Flavoprotein, Semialdhyde_dh]) and gallic_acid)

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transport-related genes

regulatory genes

resistance genes

encapsulation genes

electron transport genes

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JVJA01000430.1 - Region 1 - Pyruvate2acetate-formate

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Location: 5,741 - 18,899 nt. (total: 13,159 nt) Show pHMM detection rules used

Region on contig edge.

Pyruvate2acetate-formate: ((PFL_acetate1 or PFL_acetate2) and Radical_SAM)

Legend:

core biosynthetic genes

additional biosynthetic genes

transport-related genes

regulatory genes

resistance genes

encapsulation genes

electron transport genes

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